Σύμφωνα με δημοσίευμα τουρκικής εφημερίδας αποκαλύφθηκε πως λείπουν από τα αρχεία της Σχολής, μεταξύ άλλων παλαιών και σπάνιων βιβλίων, 11 χειρόγραφα Ευαγγέλια, ενώ εμφανίζει να αποκάλυψε το σκάνδαλο νεοδιορισμένος στο σχολείο υποδιευθυντής.
Πάντως ο κ.Θανάσης Αγγελίδης, υπεύθυνος για τη διοίκηση του σχολείου, επιβεβαίωσε πράγματι ότι τα ιστορικά Ευαγγέλια χάθηκαν, αποκάλυψε όμως και κάτι που δείχνει το κλίμα φόβου και καταπίεσης για την ελληνική μειονότητα που επικρατούσε, παλιότερα τουλάχιστον, στην γειτονική χώρα: ότι πριν από χρόνια είχαν εντοπιστεί βιβλία με την σφραγίδα της Σχολής σε παλαιοπωλεία,όμως λόγω των συνθηκών της εποχής στην Τουρκία κανένας δε διαμαρτυρήθηκε!Το θέμα παρουσιάζει η εφημερίδα Bugun με τον τίτλο «Έντεκα ιστορικά ευαγγέλια είναι χαμένα» και τον υπέρτιτλο «Σκάνδαλο στο σχολείο των 550 ετών στο Φανάρι».Αναφέρει λοιπόν ότι έγινε αντιληπτό πως λεηλατήθηκε η βιβλιοθήκη της Μεγάλης του Γένους Σχολής όταν ανελαβε ο κ. Κονάρ.